Biserica Ortodoxa Romana a inceput persecutia religioasa prin actul de caterisire formulat  parintelui Mitropolit Ioan  pe care fostul Patriarh Teoctist  a refuzat sa-l semneze ca arhiereu..  

Biserica Ortodoxa Romana  influenteaza  prin rolul sau dominant  majoritatatea populatiei si politicienilor , liderii sai participa aproape exclusiv la evenimentele oficiale, se arata in Raportul Departamentului de Stat al SUA privind libertatea religioasa pe 2007.  Documentul arata ca BOR a manifestat ostilitate fata de celalalte organizatii religioase si a criticat actiunile de prozelitism ale altor entitati religioase. Mai multe grupari religioase minoritare s-au plâns ca autoritatile locale împiedica desfasurarea activitatilor lor religioase, chiar daca acestea sunt autorizate.In anul 2007  CNSAS a scos la iveala faptul ca episcopii BOR au fost colaboratori ai securitatii , o parte din ei primind verdict de politie politica. Episcopi precum Pimen Zainea arhiepiscop al Sucevei si Radautilor , Andrei Andreicut arhiepiscop de Alba  ,  Timotei Seviciu episcop de Arad , Calinic Argatu episcop de Arges , au primit verdict de politie politica din partea CNSAS. Insasi capul Bisericii Ortodoxe Romane a fost conspirat prin arderea dosarului pe care'l avea la Securitate.